Aux mains de l'association ornithologique et de la ville de Bienne. En 1991, la ville de Bienne a créé la Fondation Colonie des Cygnes avec le soutien de donateurs privés et élit depuis lors son conseil d'administration composé de trois membres. Dans les années 90, la ville de Bienne a soutenu la colonie de cygnes avec une contribution annuelle de 120 000 francs. Depuis 2014, cette contribution a été réduite à 81 000 francs. Lors du débat sur l'épargne du Conseil de ville de Bienne en avril 2015, la suppression complète de 2016 avait été décidée. Cela aurait signifié l'abolition de la colonie de cygnes. À l'été 2015, une Association Pro Colonie des Cygnes a été fondée dans le but de fournir un soutien financier et immatériel à la colonie de cygnes. Après diverses protestations d'autres institutions touchées par les mesures d'austérité, l'annulation de la contribution de la ville a été revue et un nouveau conseil d'administration a été élu, ce qui a permis à la Colonie de Cygnes d'agir à nouveau et d'assurer sa survie. La moitié est financée par la ville de Bienne et l'autre moitié par des donateurs privés et des fondations.